流感病毒全基因组分析系统，是一款提供图形操作界面的流感病毒全基因组测序数据自动化分析系统。相较于常规荧光定量PCR技术，全基因组测序技术具有更强的检测灵敏度，为流感病毒的鉴定、变异检测、监测等带来了技术革命。本系统是流感病毒全基因组测序数据的配套分析系统，兼容当前主流二代和三代纳米孔原始测序数据，实现实时快速分析，能够提供流感病毒分型、甲型流感病毒HA和NA基因区段溯源分析、乙型流感两种家系（Victoria和Yamagata）分型分析、变异检测、覆盖度展示以及组装完成的基因组序列。

本系统与常规Linux Shell命令行调用多种程序测序数据分析相比，提供从下机数据到结果报告一键式操作，解决了命令行操作难度大、数据结果分析可视化复杂等问题。通过高度优化的集成分析流程与完善的数据库，最快可将分析时间缩短至10分钟内。

本系统可针对二代及三代纳米孔测序数据进行生物信息学分析，具体功能如下：

1.支持单样本和多样本数据导入分析；

2.提供从下机数据到分析结果一键式操作；

3.提供甲乙丙丁四种流感病毒鉴定和基因组变异检测；

4.内置流感数据库，提供序列比较分析，支持自上传样本共同分析，结果以变异比较列表和系统发育树的方式展示；

5.提供流感病毒的全基因组覆盖度图和组装完成的一致性序列；

6.甲型流感提供亚型鉴定、HA和NA基因溯源分析；

7.乙型流感两种家系（Victoria和Yamagata）分型分析，支持疫苗株及其他细分进化树分析

8.提供结果数据统计以及图表输出功能；

9.提供样本管理系统，支持输入样本的具体信息，包括病案信息、取样信息、临床诊断信息，支持样本信息和数据分析管理关联等；

10.支持一键输出可打印的分析报告，支持图形和表格等结果的下载和输出。